主编教材和专著:

《农业科技创新方法研究》,2013,贾敬敦,卢兵友主编,张峭,陈宝峰,樊龙江,朱浩,王斌副主编,中国科学技术出版社

《水稻分子育种技术指南》,参编(钱前,郭龙彪,曾大力等主编),2012,科学出版社

《作物科学方法》,2011,樊龙江,曹永生,刘旭等编著,科学出版社

《农业科学方法概述》,2011,刘旭,戴小枫,樊龙江,张峭,曹永生等编著,科学出版社

《生物信息学札记》(第3版,2010年;第2版,2005年;第一版,2001年)(网络教材),樊龙江主编,http://ibi.zju.edu.cn/bioinpla

《水稻基因设计育种》,参编(钱前主编),2007,科学出版社

《解码生命:基因工程》,周雪平,樊龙江,舒庆尧编著,2002,浙江大学出版社

《转基因作物安全性——争论与事实》,樊龙江,周雪平编著,2000,中国农业出版社