1. 国家自然科学基金重点项目(31330058):棉花纤维素生物合成基因调控高强纤维形成的分子遗传基础、2014/01 - 2018/12307万元、在研、主持。

2. 国家自然科学基金-新疆联合基金重点项目(U1503284):棉花高产、优质纤维基因资源的挖掘,形成和传递规律及新疆品种的遗传改良、2016/01 - 2019/12274.8万元、在研、主持。

3. 973项目(2011CB109300): 油料作物优异亲本形成的遗传基础和优良基因资源合理组配与利用、2011/01 - 2015/083285万元、已结题、主持。

4. 农业部农业科研杰出人才及其创新团队、棉花的基因组学与分子育种创新团队、2011/01 - 2015/12100万元、已结题、主持。

5. 国家自然科学基金重点项目、30730067、陆地棉、海岛棉种间分化与棉纤维发育的基因组学研究、2008/01 - 2011/12160万元、已结题、主持。

6. 973课题、2006CB101708、大豆、棉花骨干亲本的分子数量遗传学研究、2006/01-2010/12400万元、已结题、主持。

7. 教育部长江学者和创新团队发展计划、IRT0432、主要农作物的基因资源与分子育种、2005/01 - 2007/12300万元、已结题、主持。

8. 国家杰出青年科学基金项目、30025029、作物遗传育种学科、2001/01 - 2004/1280万元、已结题、主持。